Ao final de 1206, Pedro Bernardone, convencido de que nem as razões nem a força podiam torcer o ânimo de Francisco, decidiu recorrer ao Bispo, instaurando-se um julgamento como nunca aconteceu na história de outro santo. O palco do julgamento foi a própria Praça Comunal de Assis, junto à igreja de Santa Maria e à casa do bispo, bem à vista de todos.
Bernardone exigiu que seu filho lhe devolvesse tudo quanto recebera dele.
Francisco sem vacilar um momento se despojou de tudo até ficar nu, jogou os trajes e o dinheiro aos pés de seu pai, e exclamou: ‘Até agora chamei de pai a Pedro Bernardone. Doravante não terei outro pai, senão o Pai Celeste’. O Bispo, então, o acolheu, envolvendo-o com seu manto.
Daquele momento em diante, cantando ‘Sou o arauto do Grande Rei, Jesus Cristo’, afastou-se de sua família e de seus amigos e entregou-se ao serviço dos leprosos, tratando de suas feridas, e à reconstrução das Capelas e Oratórios que cercavam a cidade. Cada dia percorria as ruas mendigando seu pão e convidando as pessoas para que contribuíssem com pedras e trabalho na restauração das ‘Casas de Deus’ que estavam em ruínas.
De alguns recebia apoio e incentivo. De muitos, o desprezo e a zombaria. No entender da maioria, o filho de Pedro Bernardone havia perdido completamente o juízo.
Estava já terminando a restauração da última Igrejinha da redondeza, a capelinha de Santa Maria dos Anjos e perguntava-se o que faria depois. O que mais lhe pediria Deus? Não havia entendido ainda que a Igreja que devia restaurar não era a de pedra, mas a própria Igreja de Cristo, enfraquecida na época pelas divisões, heresias e pelo apego de seus líderes às riquezas e ao poder.
Devia ser aquele o ano de 1209. Certo dia, Francisco escutou, durante a missa, a leitura do Evangelho: tratava-se da passagem em que Cristo instruía seus Apóstolos sobre o modo de ir pelo mundo, ‘sem túnicas, sem bastão, sem sandálias, sem provisões, sem dinheiro no bolso …’ (Lc 9,3). Tais palavras encontraram eco em seu coração e foram para ele como intensa luz. E exclamou, cheio de alegria: ‘É isso precisamente o que eu quero! É isso que desejo de todo o coração!’ E sem demora começou a viver, como o faria em toda a sua vida, a pura letra do Evangelho. Repetia sempre para si e, mais tarde, também para seus companheiros: ‘Nossa regra de vida é viver o Evangelho de Nosso Senhor Jesus Cristo’!
A partir daquele dia, Francisco iniciou sua vida de pregador itinerante, percorrendo as localidades vizinhas e pregando, em palavras simples, o Evangelho de Cristo.
Muitos começaram, enfim, a compreender o sentido dessa vida e manifestaram o desejo de seguí-la.
No ano de 1210, Francisco e seus seguidores viajaram até Roma para buscar a aprovação do Papa para o seu modo de vida. Mas como aquele bando de mendigos, maltrapilhos e desconhecidos seria recebido pelo severo Inocêncio III? Francisco rezava e confiava. Afinal, não era o próprio Cristo que o estava conduzindo?
Por coincidência ou providência divina, encontrava-se em Roma, nessa ocasião, o Bispo de Assis, grande admirador de Francisco. Graças a ele o Papa os recebeu.
Inocêncio III ficou maravilhado com o propósito de vida daquele grupo e especialmente, com a figura de Francisco, a clareza de sua opção e a firmeza que demonstrava. Reconheceu nele o homem que há pouco vira em sonho, segurando as colunas da Igreja de Latrão (a igreja-mãe de todas as Igrejas do mundo!), que ameaçava ruir. O Papa reconheceu que era o próprio Deus quem inspirava Francisco a viver radicalmente o Evangelho, trazendo vida nova a toda a Igreja, naquele tempo tão distanciada dos ensinamentos de Cristo! Por isso deu a seu modo de viver o Evangelho a aprovação oficial da Igreja. Autorizou Francisco e seus seguidores a pregar o Evangelho nas igrejas e fora delas e os despediu com sua bênção. Este fato histórico ocorreu a 16 de Abril de 1210, marcando o nascimento oficial da Ordem Franciscana.
Ao voltar de Roma, Francisco e seus companheiros resolveram ficar por uns tempos em Rivotorto. No lugar de Rivotorto, existia um pequeno casebre, cuja função era apoiar e dar abrigo aos viajantes que pontualmente passavam por ali.