Quando percebeu que estava próximo de morrer, mandou que o levassem para a sua pequena cela na Porciúncula. No Sábado dia 3 de Outubro, o Santo vivia os seus últimos momentos. Ao entardecer começou a cantar o Salmo 141 de David, rodeado pelos frades que choravam e não queriam deixa-lo sozinho.
Com o passar do tempo, o som de sua voz foi perdendo a intensidade até que emudeceu inteiramente. Seus lábios fecharam para sempre e foi cantando, que entrou na eternidade.
DEUS em sua infinita bondade, ainda permitiu uma última saudação ao seu humilde cantor. Por cima de sua cabana e ao redor, apenas a voz do Santo calou, o espaço foi ocupado por um sonoro e imprevisto coro de vozes de todas as aves, que em profusão e admirável alarido vieram cantando dar-lhe o último adeus.
Dois anos após sua morte foi beatificado e em 1228, declarado Santo no dia 16 de Julho pelo Papa Gregório IX. Seu Mausoléu encontra-se na Basílica com o seu nome, em Assis.
São Francisco foi escolhido oficialmente padroeiro da Itália.
