Filho de Pietro Bernardone e Dona Pica Bernardone, Francisco nasceu entre 1181 e 1182 , na cidade de Assis, província da Umbria no centro da Itália. Seu pai era um rico e próspero comerciante de tecidos, que viajava freqüentemente em negócios principalmente para França, de onde trazia a maior parte de suas mercadorias.
Foi de lá também que ele trouxe sua linda e bondosa esposa, Dona Pica. A mãe de Francisco, foi de fato a mulher da sua vida e foi ela que emocionado muitas vezes invocou. Francisco sempre nutriu uma atenção e um carinho especial pela relação materna em geral.
A sua grande ligação espiritual a Maria, mãe de Jesus, é mais um sinal do seu particular respeito e Amor pelas mães de todo o mundo. Era freqüente usar a relação materna em geral, como exemplo de Amor nos seus diálogos e pregações.
Em relação ao pai, apesar do amor e respeito que nutria por ele, a relação não foi um exemplo e assim conheceu alguns episódios desagradáveis. Francisco teve um irmão, de que a história pouco fala.
Chegado o momento do parto, Dona Pica, assistida por várias pessoas que ajudavam, teve muitas dificuldades e o nascimento da criança parecia se complicar. Eis que batem à porta e a criada ao atender depara-se com um mendigo que lhe transmite que a senhora da casa deverá dar à luz no estábulo da casa, junto aos animais.
Dona Pica, ao saber do sucedido, pediu ajuda às criadas para a levarem até ao estábulo. Lá chegada, a criança nasceu e foi lhe dado o nome de João (Giovanni). O pai, quando regressou, em homenagem à França, mudou-lhe o nome para Francisco.
