Em 1206, passeando a cavalo pelas campinas de Assis, viu um leproso, que sempre lhe parecera um ser horripilante, repugnante à vista e ao olfato, cuja presença sempre lhe havia causado invencível nojo.
Mas, então, como que movido por uma força superior, apeou do cavalo e colocando naquelas mãos sangrentas seu dinheiro, aplicou ao leproso um beijo de amizade.
Falando depois a respeito desse momento, ele diz: ‘O que antes me era amargo, mudou-se então em doçura da alma e do corpo. A partir desse momento, pude afastar-me do mundo e entregar-me a Deus’.
Pouco depois, entrou para rezar e meditar na pequena capela de São Damião, semi destruída pelo abandono. Estava ajoelhado em oração aos pés de um crucifixo bizantino, que a piedade popular ali venerava, quando uma voz, saída do crucifixo, lhe falou: ‘Francisco, vai e reconstrói a minha Igreja que está em ruínas’. Não percebendo o alcance desse chamado e vendo que aquela Igrejinha estava precisando de urgente reforma, Francisco regressou a Assis, tomou da loja paterna um grande fardo de fina fazenda e vendeu-a. Retornando, colocou o dinheiro nas mãos do sacerdote de São Damião, oferecendo-se para ajudá-lo na reconstrução da capela com suas próprias mãos.
Conhecendo o caráter de Pedro Bernardone, é fácil imaginar sua cólera ao ver desfalcada sua casa comercial e perdido o seu dinheiro. Não bastava já o desfalque que dava ao entregar gratuitamente mercadorias e alimentação para os ‘vagabundos’ necessitados? Agora mais essa! E Francisco teve que se esconder da fúria paterna.
Certo dia saiu resolutamente a mendigar o sustento de porta em porta na cidade de Assis. Para Bernardone isso já era demais! Como podia ele envergonhar de tal forma sua família? Se seu filho havia perdido o juízo, era necessário encarcerá-lo! Assim, Francisco experimentou mais uma vez o cativeiro, desta feita num escuro cubículo debaixo da escada da própria casa paterna. Depois de alguns dias, movida pela compaixão, sua mãe abriu-lhe às escondidas a porta e o deixou partir livremente para seguir o seu destino.
