E Francisco saiu para a guerra em busca de poder para mudar a situação observada em seu lar de injustiça e diferenças sociais, situação esta que se refletia também no mundo. Enquanto esteve doente, Francisco enfrentou também uma batalha interior indescritível: a luta do bem divino e o mal terrestre. E durante a batalha, Francisco pediu com humildade a Jesus que iluminasse seu caminho e lhe levasse a sua vocação.
Em 1205, com seus 24 anos, Cristo revelou-se a ele através do crucifixo de São Damião: Francisco! Constrói a minha Igreja! A partir disso, abandonou tudo e saiu em busca de sua paz ajudando doentes, confortando miseráveis e leprosos, amando todos como irmãos.
Tido como louco depois de dar tudo o que possuía aos pobres, sua alma generosa, tornou-se mais forte com o desprezo. Seu pai não aceitou seu modo de vida, depois de uma surra foi preso no porão. Solto por sua mãe e percebendo seu pai que ele não iria mudar, quis apenas receber o que Francisco gastaria com os pobres e com a Igreja, o que foi entregue com amor.
Diante do Bispo, renunciou a tudo, e sem mais, tirou a roupa ficando nu perante todos, livre assim de tudo que o prendia a seu pai terrestre. Em seu processo de conversão, foi para um leprosário onde lavava a podridão,limpava as chagas, beijando-as como se fossem as de Cristo!
Certa noite, após pedir a Jesus a humildade e se fosse da vontade Divina, que as chagas de Cristo tomasse conta de seu maltratado corpo. Ao acordar, tinha nas mãos e pés, as Chagas de Cristo. Antes de morrer, deixou uma mensagem de súplica aos pecadores deste mundo: Mestre, se porventura mereço a tua benção, que ela seja dada aos companheiros que ficam no mundo. Eles carecem de Tua ajuda agora e sempre.